孤胆枪手2作为一款经典的俯视角射击游戏，其武器系统设计丰富多样，其中特殊武器更是游戏体验的核心亮点。特殊武器通常具备独特攻击模式或高额伤害，能有效应对不同战况。能量武器大绿（GreenEnergyGun）是中期关键武器，拥有高射速和范围伤害，能快速清理成群的普通怪物；榴弹发射器则擅长爆发输出，适合对抗高血量精英怪，但需注意弹药管理和走位。黑洞手榴弹（BlackHoleGrenade）是战术性道具，投掷后产生吸附效果，可控制密集敌人并为玩家创造输出空间。

游戏中的传奇武器需通过合成或隐藏任务获取，例如紫红色品质的VSS狙击步枪具备20%概率对普通怪物一击必杀的特性，而MP-38改装后的榴弹步枪能造成250点额外伤害。合成系统要求玩家收集特定材料，如铁矿石和蓝图，部分配方需与NPC多次对话解锁。MAVERICK8F护甲通过合成可转化为能量武器，其范围杀伤效果在狭窄地形表现突出。特殊武器的强度与角色属性挂钩，例如霰弹枪技能提升可增强双持霰弹枪的爆发力，但需搭配芯片强化属性。

终极难度下，特殊武器的选择直接影响通关策略。能量炮大头等Boss级敌人需要高爆发武器应对，如6G30榴弹炮凭借弹跳特性可覆盖复杂地形。AK-47凭借区域伤害效果成为自动步枪中的顶级选择，而M16A1的吸血属性在持久战中优势显著。部分特殊武器存在使用限制，如狙击步枪对Boss无效，需配合其他武器形成组合。玩家需根据关卡机制调整装备，例如第八关狭窄地形适合能量武器速攻，而开阔场景可优先选用追踪导弹。

探索隐藏点可获得武器、弹药及金钱奖励，部分隐藏点需触发特定条件才会出现。自爆虫、喷雾怪等特殊敌人会考验武器的清场效率，范围型能量武器或霰弹枪更为实用。游戏后期可通过修改文件或利用BUG实现双持重机枪等非常规操作，但可能影响平衡性。特殊武器的终极形态如黄金AK单发伤害达1800点，需通过五级植入体等高级材料合成，是通关高难度的关键保障。